Butler berkahwin dengan Susanna Edwards Schuyler (1863-1903) pada tahun 1887 dan mempunyai seorang anak perempuan dari perkahwinan itu. Susanna adalah anak perempuan Yakub Rutsen Schuyler (1816-1887) dan Susannah Haigh Edwards (lahir 1830). Isterinya meninggal dunia pada tahun 1903 dan beliau berkahwin lagi pada tahun 1907 dengan Kate La Montagne, cucu pemaju hartanah New York, Thomas E. Davis.[5]

Pada tahun 1940, Butler selesai autobiografinya dengan penerbitan jilid kedua seberang Tahun Sibuk. Apabila Butler menjadi hampir buta pada tahun 1945 pada usia 83, beliau meletak jawatan dari jawatan yang dipegang dan meninggal dunia dua tahun kemudian. Butler dikebumikan di Tanah Perkuburan Cedar Lawn, di Paterson, New Jersey.